הקליניקה הלהט"בית של האגודה למען הלהט"ב בישראל מתמחה בסיוע וטיפול לקהילה הלהט"בית על-ידי ליווי וטיפול פרטני, זוגי ומשפחתי, קבוצות תמיכה וקבוצות טיפול בפריסה ארצית. צוות המרפאה מתמחה באתגרים העולים בחיי להט"בים/ות: יציאה מהארון, דימוי גוף וערך עצמי, זוגיות והורות גאה, ליווי בתהליכי התאמה מגדרית, סיוע במצבי משבר ואובדן, וטיפול בהתמכרויות.